Codeigniter 2.0 (o inferior) tienen una linea de código que genera una incompatibilidad en versiones de PHP 5.6.x o superiores

El mensaje es:

A PHP Error was encountered
Severity: Notice
Message: Only variable references should be returned by reference
Filename: core/Common.php
Line Number: 257

Debes ubicar la carpeta /system/core y editar el archivo Common.php
Luego vas a la linea 257 del mismo y reeemplazas:

return $_config[0] =& $config; 

Por

$_config[0] =& $config;
return $_config[0]; 

Esto es porque en versiones de PHP 5.6.x o superiores return $_config[0] =& $config; no retorna la REFERENCIA de $config sino una copia de la misma, y los cambios en ella no surtiran efecto en la variable original.