Supongamos que tengo los siguientes archivos:

prepend.php

echo "
this is the prepended file
\n";

main.php

echo "
this is the main file
\n";

append.php

echo "
this is the append file
\n";

Si agregamos en el .htaccess las siguientes lineas:

php_value auto_prepend_file prepend.php
php_value auto_append_file append.php

Y navegamos en el archivo main.php en nuestro browser, lo que obtendriamos es:

this is the prepended file
this is the main file
this is the appended file

El comando php_value auto_prepend_file archivo.php en htaccess ANTEPONE el resultado de la ejecucion de archivo.php

Y por supuesto php_value auto_append_file archivo.php en htaccess ADICIONA el resultado de la ejecucion de archivo.php

Si NO QUEREMOS NINGUNA EJECUCION prepend ni append podemos poner en el htaccess:

php_value auto_append_file none
php_value auto_prepend_file none